一、開發(fā)背景
隨著硬件(camera的分辨率、幀頻等)、方法(計(jì)算機(jī)視覺、深度學(xué)習(xí)等相關(guān)理論)的不斷發(fā)展,動物行為學(xué)從原有繁重的手工測量分析過程,逐步演變?yōu)榻咏詣踊乃?,這里說是接近,是因?yàn)閱慰恳环N或幾種算法,無法**地解決實(shí)驗(yàn)方法自動化問題,特別是在數(shù)據(jù)挖掘過程中,還需要大量的人工工作。當(dāng)然,隨著2012年深度學(xué)習(xí)理論的發(fā)展,可以進(jìn)一步提升算法識別準(zhǔn)確性,進(jìn)一步減少人為工作。軟硬件技術(shù)的飛速發(fā)展,實(shí)驗(yàn)指標(biāo)體系發(fā)生了巨大的變化,如從二維分析到三維分析、從低幀頻到高幀頻、從事后分析到實(shí)時或準(zhǔn)實(shí)時分析等。實(shí)驗(yàn)指標(biāo)在時空尺度上不斷細(xì)化,使得我們可以從全新的視角重新審視已有的動物行為學(xué)方法,新的機(jī)理機(jī)制逐步被發(fā)現(xiàn)。
從數(shù)據(jù)流的角度,要實(shí)現(xiàn)自動化獲取精準(zhǔn)的實(shí)驗(yàn)指標(biāo),需要在數(shù)據(jù)獲取、數(shù)據(jù)挖掘兩方面入手,而數(shù)據(jù)獲取又分為原始數(shù)據(jù)獲取和數(shù)據(jù)初步分析,這些依賴硬件系統(tǒng)、軟件系統(tǒng)。通常,我的做法是,通過硬件優(yōu)化提升,以簡化算法設(shè)計(jì),即硬件簡化軟件。
VisuGait大小鼠步態(tài)實(shí)時檢測分析處理系統(tǒng) 大小鼠步態(tài)(gait)是指大小鼠行走時所表現(xiàn)的姿態(tài)。大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)基于原有足跡分析方法(footprint analysis),運(yùn)用圖理新技術(shù)對足印分析法進(jìn)行了改進(jìn),通過足印圖像增強(qiáng)技術(shù)采用高速攝像機(jī)可以清晰地采集大小鼠行走過程的足印信息,然后利用步態(tài)分析系統(tǒng)自動識別分析大小鼠足跡的步行周期、支撐距離、支撐時長、擺動時長、制動時長、推進(jìn)時長、步頻等60余種指標(biāo),以此客觀、準(zhǔn)確和**地反映動物步態(tài)的變化情況。而且本步態(tài)分析系統(tǒng)集數(shù)據(jù)采集、監(jiān)測、分析、統(tǒng)計(jì)處理、繪圖制表、打印輸出于一體,避免繁重的人工勞動,極大提高實(shí)驗(yàn)的自動化程度。本儀器可廣泛應(yīng)用于腦缺血、阿爾茨海默病、帕金森氏病、腦外傷、脊髓損傷、疼痛**、關(guān)節(jié)炎等多種**動物模型步態(tài)的研究。
二、系統(tǒng)介紹
VisuGait動物可視步態(tài)分析系統(tǒng)是一套在嚙齒動物自然行走的情況下評估其運(yùn)動缺陷和由疼痛引起的步態(tài)變化的完整系統(tǒng)。VisuGait系統(tǒng)的核心部件是步行臺,老鼠可以從步行臺的一端行走到另一端,系統(tǒng)采用獨(dú)特的腳印光亮折射技術(shù),通過放置于步行臺下方的高速高清攝像機(jī)捕獲真正的腳印足跡,然后通過計(jì)算機(jī)視覺處理軟件將這些腳印進(jìn)行自動歸類(新一代足跡歸類算法)。同時,系統(tǒng)還能夠探測到腳步的相對壓力差異,這是動物行走時體重在其四個腳爪上分布不同的結(jié)果。
三、系統(tǒng)組成
用于帕金森病研究的科研儀器VisuGait大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)參數(shù)介紹,VisuGait系統(tǒng)重要組成部分:
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動物步行臺(折射光源)
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動物誘導(dǎo)箱
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高清高速攝像機(jī)
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VisuGait軟件
四、應(yīng)用范圍
動物步態(tài)分析系統(tǒng)可用于評價神經(jīng)創(chuàng)傷、神經(jīng)性萎縮、神經(jīng)**、以及疼痛癥狀群的動物模型。通過步態(tài)分析,了解神經(jīng)源性**發(fā)展過程、評價**方法的效果和篩選****。例如:帕金森氏癥導(dǎo)致肢體動作僵硬和協(xié)調(diào)性降低。步態(tài)分析系統(tǒng)通過測量動物模型中的腳間距離、擺動時相、支撐方式和正常步序比等參數(shù)評估運(yùn)動協(xié)調(diào)性。用于帕金森病研究的科研儀器VisuGait大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)參數(shù)介紹
該系統(tǒng)應(yīng)用范圍包括:
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脊索損傷
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神經(jīng)性疼痛
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關(guān)節(jié)炎
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中風(fēng)
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帕金森病
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運(yùn)動失調(diào)
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腦損傷
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外周神經(jīng)損傷、末梢神經(jīng)損傷
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阿茲海默癥
其他功能
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用于帕金森病研究的科研儀器VisuGait大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)參數(shù)介紹自動保存視頻文件,可用于離線分析,視頻分辨率為不低于1280x1024;
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支持雙向分析功能,即動物前行和后退都能采集數(shù)據(jù)并進(jìn)行分析;
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系統(tǒng)可以靈活調(diào)節(jié)光敏感度,可以應(yīng)對不同體重的動物;用于帕金森病研究的科研儀器VisuGait大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)參數(shù)介紹
五、測試指標(biāo)
5.1系統(tǒng)可測量基于單只腳印的參數(shù):
5.1.1腳*大觸地時相(Max contact)
5.1.2腳*大觸地面積(Max area)
5.1.3腳觸地壓力(Intensity)
5.1.4腳印寬度(Box width)
5.1.5腳觸地時間(Stand)
5.1.6腳印之間的位置關(guān)系(Print positions)
5.1.7同一腳爪觸地時間占總時間的比例(Duty cycle)
5.1.8步行周期(Step Cycle)、步幅(Step Stride)
5.1.9制動指數(shù)(Stop Index)、推進(jìn)指數(shù)(Start Index)
5.2系統(tǒng)可測量基于不同腳印間關(guān)系的參數(shù):
5.2.1單位時間內(nèi)腳步數(shù)(Cadence)
5.2.2步序(Step sequence)
5.2.3★步寬(前肢步寬、后肢步寬)
5.2.4★步基(左側(cè)步基、右側(cè)步基)
5.2.5步序正常指數(shù)(Regularity index)
5.2.6相位離差指數(shù)(Phase dispersions)
5.2.7雙足協(xié)調(diào)指數(shù)(Couplings)
5.2.8同時觸地指數(shù)(Support formulas)
5.3系統(tǒng)可以測量足趾寬度Toe Spread,中間足趾寬度(**只跟第四只足趾)Intermediate Toe Spread,基于身體腳爪的角度Paw Angle Body Axis
5.4系統(tǒng)可以自動測量出脛骨神經(jīng)功能指數(shù)(Posterior Tibial Functional Index TFI)
5.5系統(tǒng)可以自動測量出腓骨神經(jīng)功能指數(shù)(Peroneal Functional Index PFI)
5.6系統(tǒng)可以自動測量出坐骨神經(jīng)功能指數(shù)(Sciatic Functional Index SFI)
用于帕金森病研究的科研儀器VisuGait大小鼠步態(tài)分析系統(tǒng)參數(shù)介紹